ZWISCHENRÄUME ist Gewinnerin des HUB-Mercator-Fellowship 2012 (Impact HUB Zürich und die Stiftung Mercator Schweiz) und hatte in diesem Rahmen die Möglichkeit, während einem Jahr eine grobe Idee zum Businessplan auszureifen. Im Juni 2012 wurde ein gemeinnütziger Verein gegründet. Ende 2013 war die mittelfristige Anschubfinanzierung über verschiedene Stiftungen (Stiftung Mercator Schweiz, Avina Stiftung, Hans E. Moppert-Stiftung, Stiftung Grünau) gesichert, mit dem Ziel, ab 2017 selbsttragend zu funktionieren. Seit 2017 wird ZWISCHENRÄUME nun ohne Stiftungsfinanzierung und ohne Vereinsstruktur weitergeführt.